艾克斯奥特曼剧场版《来了！我们的奥特曼》已于2016年3月12日在日本正式上映。登场奥特曼有：艾克斯奥特曼、初代奥特曼、迪迦奥特曼、赛罗奥特曼、奈克赛斯奥特曼、麦克斯奥特曼、银河奥特曼、维克特利奥特曼。曾在迪迦奥特曼中饰演丽娜队员的吉本多香美也会与奥迷们在荧幕见面。值得一提的是，优酷已于2016年7月27日正式上映艾克斯奥特曼剧场版。
剧情
影片开始首先回顾了一遍艾克斯奥特曼TV版的剧情，然后场景转换，在宇宙的某处，配合梵顿星人格尔曼对奥特曼传说的叙述，初代奥特曼与巴尔坦星人的大战，奥特曼与大量巴尔坦分身大战，最后以斯派修姆光线扫射消灭巴尔坦星人。
然后场景转换至XIO实验室，梵顿星人展示了自己新发明的贝塔魔棒（又译贝塔胶囊），说可以召唤来奥特曼，然后进行了演示，可惜发明失败了，贝塔魔棒爆炸了。
之后是片头，片头过后场景切换至XIO作战会议室，大家都在喝咖啡，神木队长拿来一盒饼干与大家分享，大家吃得正欢，艾克斯说道：“明日奈，这个食物中含有48%的糖分，18克脂肪，你正在减肥........”话音未落明日奈就将艾克斯终端翻了面，艾克斯惊呼：“喂！快帮我翻过来，什么也看不见了！”大家哄堂大笑，这时橘副队长进来说道：“作战会议室内不许吃东西，要说多少遍才明白！”于是大家都回到自己的工作岗位上去。突然响起了警报，原来在某处超古代的遗迹处发现异常的电磁波，于是大地与明日奈前往调查，途中偶遇了玉城教授与
她的儿子裕人，并发现了大富豪黑崎先生，他擅自爆破了巴拉吉遗迹的入口并进入遗迹。
进入遗迹后一行人发现了超古代的巨人迪迦的石像，并且还有一块青石，青石上有一块石碑，玉城教授翻译上面的文字：“圣物将天之光与地之光相连接，当连接之光复苏之时，黑暗将回归至黑暗之中，将这个石头交给拥有连接之光之人”
而一心想出名赚钱的黑崎却执意要带走青石，因此与玉城发生了争执，最终玉城未能阻止黑崎。
突然被封印在遗迹中的魔兽跑了出来，大地与艾克斯一体化与之战斗，但这只巨兽实在太强，轻松将艾克斯击败，而艾克斯终端也因为高温被破坏。
众人与玉城母子回到XIO基地，玉城透露，这只巨兽是阎魔兽·赛戈古，太古时代，是地面一片火海，没有海洋的地狱，这就是赛戈古的天地，这时光之巨人降临，将赛戈古封印在地底，但因为没能阻止黑崎，导致封印被解开，要再次封印赛戈古，需要将那个青石回归原位。
另一边，大地正在想办法修复多功能终端，最终使用点击法让艾克斯恢复了意识，但无法进行一体化。
高田琉依带着裕人参观实验室，格尔曼博士向裕人展示了五名奥特曼的电子虚拟卡片，而裕人受母亲研究的影响，也喜欢收集一些奇怪的东西，于是裕人也向几位展示了自己的一些收藏，而其中一个引起了格尔曼博士的兴趣（其实就是神光棒）。
而此时，黑崎正在做一档节目介绍自己得到的这块青石，但人气还不如别人的宠物专辑。但他并不知道，阎魔兽赛戈古正在向着巴拉吉青石袭来。神木队长派明日奈队员与玉城教授去取回青石，其余队员使用了XIO所有的强力技术前往阻止赛戈古。
XIO使用了电子哥莫拉引诱出赛戈古，新月守操控艾雷王能量盾封锁赛戈古行动，贵岛隼人与风间渡方便驾驶空战马斯凯迪与陆战马斯凯迪使用雷德王卡片与金古桥卡片牵制赛戈古，但是赛戈古释放出戈古火焰哥尔赞与戈古安东拉，破坏了能量盾与电子哥莫拉。
另一边，明日奈，玉城与黑崎因为争夺青石斗得不可开交，而他们所在的大楼也被赛戈古破坏，一行人陷入危机之中。在XIO实验室中，裕人与格尔曼等人看见了黑崎的直播，裕人坚决要去就妈妈，这时实验室内的神光棒与青石同步发光，紧接着艾克斯终端也开始发光，大家恍然大悟，原来这就是传说中的连接之光，于是高田琉依带着艾克斯前往大地的身边，而XIO与赛戈古军团的战斗还在持续。
大地与裕人进入了大楼，此时玉城已经被落下的钢架压住，黑崎捡起了青石准备逃走，但突然良心发现，开始帮助玉城教授，但腰却闪了，这时裕人和大地也到达，并与明日奈一起帮助玉城教授，玉城再三让裕人逃跑，但裕人不愿放弃，喊道“我绝对要保护好妈妈”，于是奇迹出现了，裕人举起了钢架救出了妈妈，石头的神光棒复苏了，艾克斯终端也复原了，而随着赛戈古对大楼的破坏，墙体倒塌，裕人大喊并启动了神光棒，变身成为远古的巨人迪迦奥特曼，大地也与艾克斯一体化，明日奈等人也无事逃离，突然青石飞向天空，变成了红色的光球，光球落下，随之出现的是初代奥特曼，于是，三大奥特曼与赛戈古军团的战斗开始了。
迪迦与初代先继消灭了安东拉与火焰哥尔赞，艾克斯也对赛戈古使用扎纳蒂姆光线，引发了大爆炸，突然赛戈古伸出两条鞭子，缠住了迪迦与奥特曼，吸取他们的能量，并在中国上海，瑞士洛桑，埃及开罗，阿根廷布宜诺斯艾利斯，美国达拉斯召唤了五头持剑迪玛伽，时三大奥特曼的彩色计时器也开始鸣响，这时，人们的希望产生了迪迦与奥特曼的电子卡片，艾克斯使用这两份力量，形成了贝塔火花装甲，斩断了赛戈古的鞭子，救出了两位奥特曼，并且赛罗奥特曼,麦克斯奥特曼,银河奥特曼,维克特利·奥特曼,奈克瑟斯五大奥特曼出现在世界各地与持剑迪玛伽战斗，迪迦与奥特曼将自己的力量融入贝塔火花装甲，向五位奥特曼输送能量，于是五位奥特曼各自释放必杀光线，消灭了持剑迪玛伽，艾克斯也释放究极技：贝塔火花光矢消灭了赛戈古。
战斗结束后，艾克斯与迪迦将大地与裕人分离出去，奥特曼飞向了宇宙，艾克斯借由人们的希望之光获得了原来的身体，与XIO的大家告别之后离开了地球。
几天后，队员们又在作战会议室中吃起了蛋糕，橘副队长这次没有发火，而是一起吃了起来，这时，大地队员的多功能终端中传来艾克斯的声音：“这个蛋糕的糖分占全部质量的54%，从营养平衡的角度来讲........”大家大喜：“艾克斯，你不是回去宇宙了吗？”艾克斯说：有一只怪兽逃进了虫洞，朝着地球袭来。此时警报响起，大家再次投入战斗之中。
赛罗奥特曼,麦克斯奥特曼,银河奥特曼,维克特利·奥特曼,奈克瑟斯:都为艾克斯奥特曼中客串的角色,不过这次快斗和翔没有出现,而礼堂光也只是声音演出,赛罗奥特曼依然宫野真守。也就是没有人间体登场。
赛罗奥特曼:小林雄次是其【超银河传说】【银河帝国】【超级赛罗格斗1】的脚本,中野贵雄是其在艾克斯奥特曼中客串回的脚本
麦克斯奥特曼:小林雄次本身就是麦克斯奥特曼TV的脚本之一
银河奥特曼,维克特利·奥特曼:中野贵雄,小林雄次,小林弘利是其脚本之一,田口清隆也是导演之一。其中著名的【眼Q之泪】就是田口和中野贵雄的合作产品
奈克瑟斯:小林弘利为此次艾克斯奥特曼的奈克瑟斯回脚本,相信感动了不少人吧。而【奈克瑟斯】播出时,小林雄次也曾代表【宇宙船】做过【奈克瑟斯】的报道(第二年其就加入了麦克斯奥特曼脚本行列)。
同时奥特十勇士的脚本家正是小林雄次和中野贵雄。
（由TV版第二集的剧情可以知道，艾克斯奥特曼在15年前把格里扎扔进太阳后产生的耀斑的能量过大，超过了艾克斯奥特曼的承受能力，使得艾克斯奥特曼本体只能以数据的形式存在并在15年后融入了大地的多功能装置中），离开了地球。
